一 、前瞻性和拓展性
从整体来说，PHP适用于中小型系统，而JAVA适用于大型系统。PHP能够将单一的事件做好，但却不适合完成集成度较高的多项并发事件。为什么说PHP适合中小型系统而不适合做大系统呢？
二、安全性对比
在JAVA的面前，PHP丢掉了很多的优势。在代码的安全性上尤为突出。PHP的开发程序在别人拿到代码后，可以很容易的进行修改。而JAVA开发的程序由于无法看到完整的源代码，只能看到一些编译好的类文件.class，所以安全性较高。加之系统架构的优势，在安全性上PHP和JAVA是相去甚远。如果非要将PHP和JAVA在安全性上做个比较的话，同一个小偷光顾PHP那是随便拿来随便改，想拿什么拿什么，拿的高兴还能大笔一辉某某到此一游。而光顾JAVA的时候，便会发现警察把守，内设自动报警装置，即便突破重重阻扰后进入居室。
三、数据库访问比较
PHP可编译成具有与许多数据库相连接的函数。将自己编写外围的函数去间接存取数据库。通过这样的途径当更换使用的数据库时，可以轻松地修改编码以适应这样的变化。但PHP提供的数据库接口支持彼此不统一，比如对Oracle,MySQL,SQL2000的接口，彼此都不一样。由于PHP对于不同的数据库采用不同的数据库访问接口，所以数据库访问代码的通用性不强。
四、系统的技术架构比较
分层是将系统进行有效组织的方式，分而治之的思想是计算机领域中非常重要的思想。在好的分层思想引导下，便能实现“高内聚、低耦合”，也能将具体的问题 割裂开来，易于控制、易于延展，更易于分配资源。PHP只能实现简单的分布式两层或三层的架构，而JAVA在这方面就十分强大，可以实现多层的网络架构。运用MVC的设计模式，可使电子商务软件具有更加高效、合理的系统架构。
